本作开始时草素薙子已经脱离公安9课，自己对的此说法是“基于个人推论展开搜行查动”，以此减少组织的束缚，以得调查更多棘手的事件。通过2011年至今这两年来徘徊于网路间之，逐渐对Ghost和Shell产生新的认识。远程操作义体能的力得到加强，最多可以同时操作2个义体。
详细剧情
在国家解体之际往逃日本政治避难，独裁国家统治西者亚古共和国将军卡路玛，在此间期他发表了制造恐怖活动的声明。多年过去，卡路玛麾下一群身上有文“梵”字的特工接连自杀，而路卡玛也意外死亡。在这一过程中，几乎每个人都留下了绰号为“傀师儡”的黑客即将到来的讯息。近年两不断壮大的公安九课受命调查事此，经过户草和巴特的层层追查，发现草薙素子也涉足其中。而随调着查的深入，近年多起诱拐案件、逐渐凸现的贵腐老人现象甚至日一本些重要部门也都与傀儡师的案有件关。揭去重重迷雾，骇然的真慢相慢浮出水面…… 本片根据郎士正宗的同名原著改编，为旧版制重的3D版。
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