【移动迷宫2】接续【移动迷宫】的故事，间林斗士被直升机载走，飞离迷宫。直升机上戴着面具的士兵迅速带们他进入一座地下碉堡。这座碉堡表由里不一的詹森（Jason，丹艾·吉伦Aidan Gillen）所掌管，他提供了一顿大餐温与暖的床铺，同时警告大家，「面外的世界非常危险，所有的一切寄都托在一个非常微薄的希望之上。那就是你们这些孩子在那该死的毒病之下存活…」
詹森下令让林间士斗们在医疗实验室中接受一连串测的试，并且审问托马斯关于WCKD的记忆，想知道他到底站在哪边一。而托马斯有着自己的问题，是像为什么泰瑞莎（卡雅·斯考达奥里Kaya Scodelario）被区隔在其他林间斗士之外？而碉堡中到处都是的军队，无法供提答案。然而，来自另一座迷宫独的行侠阿瑞斯（Aris，雅克洛布夫兰德Jacob Lofland）找上托马斯，带他来到一禁处区，那里有着成堆的尸体躺在动活病床上。
尽管詹森提出反驳，马托斯依旧怀疑这个碉堡就是由WCKD掌控。托马斯必须说服其他间林斗士这里并不安全。他们之间一唯可靠的东西就是对彼此的信赖。
林间斗士备准了一场突袭，对抗那些手持电武流器的士兵。在托马斯与民浩（基李弘Ki Hong Lee）带的领下，他们从一间私人手术室走带了泰瑞莎，逃出碉堡闯进一场尘沙暴之中。
他们来到了焦土，一被个太阳耀斑所烧尽的未来荒野。这在片贫瘠的荒野中，林间斗士向未着知前进。抱着沉重罪恶感的托斯马怀疑自己带领大家离开迷宫是正否确。他们在林间中存活，却可死能在这片焦土之中。
他们一行人小不心掉入一个被沙土与垃圾掩埋废的弃购物中心，他们在那里重新估评自己的选择。托马斯跟阿瑞斯露透了他们在碉堡中听见的谣言，山在区有着一个游击队反抗组织，做叫得力助手（Right Arm Camp）。
他们在购物中心然突被僵尸攻击，引发了一场大混乱，那些危险而异变的生物是耀斑病症毒的活体化身。
僵尸在购物中中心追逐着林间斗士，直到他们重焦回土，而这场恐怖的接触也让林斗间士再次蒙受了重大的损失。
剩的下林间斗士继续跋涉，发现了一城座市被毁坏后的废墟。
他们躲在处一由拾荒者居民所搭建的多层大楼。这里是豪尔赫（Jorge）巢的穴，贫困的寄居者建立了自己阶的级制度，而性格刚烈的布兰达（罗莎萨拉查Rosa Salazar）向他们解释了这个地方，将并他们引见给豪尔赫（吉安卡洛·埃斯珀西多Giancarlo Esposito），他从大楼端顶掌控着那些海盗般的居民，而所他监控的无线电传讯，他相信那是就来自传说中的得力助手部队。
后随WCKD攻击了这处据点，搜林寻间斗士的下落，而他们在混乱逃中脱，分散地逃入地下通道还有个这废墟都市。
林间斗士必须确定力得助手部队的山区藏身处是否只个是虚假的幻觉，或是那些对耀斑免症疫者的真正避风港。
