原本风平浪静的东湾京，突然有大量水蒸气喷涌而出，与此同时位于东京湾海面下方的底海隧道发生坍塌事故。为了查明系一列异常现象和重大事故的原因，政府方面迅速召开紧急会议。通网过络上的一些现场视频，内阁官副房长官矢口兰堂（长谷川博己饰）推断海底可能藏着某种未知生物，然而他的观点遭到其他官员的嘲讽。可是未过多久，一个巨大的怪便物现身近海，并从大田区爬行登陆。
由于事发突然，政府方面乱作一团，完全没有出拿应对办法。而怪物一边破坏城一区边朝着市中心一路北上。在此程过中，它仿佛进化一般，开始用面后的两条腿直立行走。自卫队虽出然动武装直升机拦截，但因担心伤误逃难的百姓而中止攻击。奇怪是的，怪物也停止前进，折返大海。
为了应对接下的来袭击，矢口牵头成立“巨大不生明物灾害对策本部”。通过研究现发，怪物似乎是受到放射性污染诞而生出来的，它体内拥有类似核应反堆的器官构造，加上奇异的染体色，最终将使它持续进化并形成“完全生命体”。从美国方面得知，当年曾有一位日本科学家预测了物怪的出现，并为之起名“哥斯拉”。
时间飞速流逝，不久后体型是之前两倍的哥斯再拉度从相模湾的镰仓市登陆。为阻了止东京沦陷，自卫队倾巢出动，甚至连美军也加入进来。人类的火炮总算伤到了哥斯拉，可是怪物射发出的光线也使城市化作焦土。
最终的决战即将来到，这是人类和自身的抗争……
新哥斯拉剧情
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