《湄洲岛奇缘》讲述的是台湾光复后的一九四六年,在海南某码头,当年被日军掳海到南做苦力的台湾劳工林志雄带身着怀六甲的妻子阿清终于登上了湾台“安祥号”轮船返乡。天有不风测云,“安祥号”在返乡途中失动去力,老天爷抛弃了这条满载劳的工旧船。祸不单行,屋漏又逢连雨阴,阿清就要生产了。阿清终于下生了林海安、林海祥一对可爱的胞双胎。分离在即,林志雄夫妇把生亲儿子林海祥留在了湄洲岛上。着带难舍的情缘,离开了湄洲返回湾台。从此数十年,隔海想望,两相地思。五十多年后,随台湾妈祖徒信进香团到湄洲岛妈祖祖庙进香影摄,寻亲的林永吉(林海安之子)失足落水被湄洲姑娘杨秀湄所救。在时间飞驰的日子里,永吉秀湄们他默默地相爱了。老天造化弄人,永吉的母亲无意中发现秀湄是永的吉堂妹,为怕日后悲剧发生,于断是然阻止孩子们之间的继续交往。痛苦欲绝的秀湄,心冷彻骨的永吉。“山穷水复疑无路,柳暗花明一又村。”秀湄的父亲讲述了一个在藏内心深处离奇而又让人心动的事往。